ゲートの出現とともに現れた次元種の無差別攻撃により、世界は壊滅の危機に陥った。
阿鼻叫喚の中で覚醒し、ゲートを閉じることに成功した者達を人々はこう呼んだ――CLOSERと。

UNION. 次元戦争報告. 文書番号627.

この物語が始まる18年前…

世界中でゲートが開き、次元種が全世界を襲撃する。
次元種には通常の攻撃が全く通じず、人類はなす術なく都市が破壊されゆくのをただ見ているしかなかった。
しかし、ゲートの開放がもたらしたのは悪い影響ばかりではなかった。ゲートの開放により、ごく少数の人間が位相力という超越した能力に目覚めたのだ。
各国の政府は、位相力に目覚めた能力者を動員して次元種を制圧した。甚大な犠牲を出したが、ゲートを閉じることに成功したのだ。

その後、能力者たちは「ゲートを閉じる」という意味でクローザー(CLOSER)、次元種の大規模な襲撃は次元戦争と呼ばれるようになった。
次元戦争の悲劇を乗り越え、人類は壊滅した都市を再建した。
一方、次元門の危険性に備え、UN傘下の組織である「ユニオン(UNION)」を中心にクローザーを結集させ、ゲートの研究が行われた。
やがて、UNIONの研究で位相力が特異点に達するとゲートが開くという事実が明らかになる。

しかし、まだゲートと位相力については完全に把握できていなかった。
そのためUNIONは、新規クローザーを養成し、次元戦争の再発防止に尽力した。
その時、また各地のゲートが揺れ始め、さらに強力になった次元種が襲いかかる。
クローザーズのストーリーは、オオトリのクローザー達で構成されたチーム「ブラックランブス(BLACKLAMBS)」として活動中の少年少女の日常から始まる。

「ブラックランブスのクローザーとなり、オオトリを守護せよ！」

位相能力者たちを管理する術を手に入れたヴァルチャーズは、彼らを「処理部隊」と呼び、
ひそかに管理し始める。オオトリ本社にいる「ウルフドッグチーム」はヴァルチャーズの処理部隊の中でも、最も有能で残忍なチームとして名を馳せていた。

次元戦争後も、ユニオンはしばらく位相力の研究と実験を繰り返した…

位相力の研究には莫大な費用を要し、強大国の支援も次々と断ち切られていく状況に後押しされ、ユニオンは仕方なく、位相装備の開発と販売を許可してくれという民間業者の要求を受け入れた。
しかし、ユニオンの行き過ぎた秘密主義により、ほとんどの業者は、まともな位相装備を作ることができず、徐々に事業から手を引いた…
結果として、最後まで残った残ったある業者がこの市場を独占することとなった。それが「ヴァルチャーズ」である。

市場を独占したヴァルチャーズの存在感は、だんだんと大きくなり、ユニオンに若干の影響力を与えられるほどになった。
ヴァルチャーズは、次元種の残骸の入手と位相力に関する研究のため、位相能力者を直接管理できるよう要求した。最初はこれを拒否したユニオンだったが、莫大な資金を提供するというヴァルチャーズの提案に、結局は首を縦に振る。 しかしほどなくして、人間型次元種を討伐する任務に赴いたヴァルチャーズは、人間型次元種の暴走により戦力の大部分を失ってしまう。

そのためウルフドッグの隊長は人間型次元種討伐を中断し、人員が拡充されるまで自分のチームで管理することにする。
その一方で、事故を起こし独房に監禁されていた元隊員のスラッシュを釈放し、再びチームメンバーとして活用するなど、戦力の確保に奔走した。

こうして新たに構成されたウルフドッグが、オオトリの闇にまぎれて活躍する。

ユニオンは、次元種の道具を使用する位相能力者で、ユニーククローザーチームを構成し、上層部直々の命令でのみ動く「ヴィルトフーター」を編成する。
ドイツのとある古城を本拠地にする彼らは、教師と生徒で構成された謎のチームだ。

悲劇の教師と、宿命を背負った弟子が出会い、運命に立ち向かう…

次元戦争当時に始まった一部の科学者による常軌を逸した実験は、過酷な宿命を背負った子どもたちを生み出した。
特殊な力を持って生まれた子どもたちは、大人の意のままに育ち、子供らしい喜びを知らないまま大きくなった。
そう、子どもたちには自分が信じて従うことができるまともな大人が必要だった。

ユニオンには、珍しい能力を持つユニーククローザーが所属している。 彼らは、他の位相能力者と比較にならないほどの力を持っていたため過酷な任務を任され、そのため常に死と隣り合わせだった。 貴重な人材を自らの手で傷つけてしまう大人たち。 そう。大人には、彼らを守ってくれる誰かが必要だった。

だから…

家族でも、仲間でもない者たち。「学校」で生きるヴィルトフーターが誕生したのだ。